Католическая община Севастополя получила разрешение на возведение костела в Севастополе в 1898 году, тогда же приступив к сбору средств. Пожертвованы были, лишь, несколько тысяч рублей (при необходимых 30-40 тысячах), председателем комитета по постройке стал капеллан войск одесского военного округа Ф. Козловский, а автором проекта – военный инженер Н. Третесский.
Утвердили проект и начали строительство костела в 1905 году, а в 1911 завершили все работы по сооружению неоготического храма из инкерманского камня. Внутри костел св. Климентия представлял собой трехнефный зал с балконом и цокольным этажом.
В 1936 году костел св. Климентия закрыли, а здание было передано культпросвету, но, в действительности, практически не использовалось. Период Великой Отечественной войны здание пережило, но было частично разрушено в результате бомбардировок.
С 1959 года начинается новый этап жизни храма – его превращают в кинотеатр «Дружба», перестроив по проекту И.А. Брауде. В таком виде, костел в Севастополе сохранился до наших дней.
Последние двадцать лет католическая община пытается вернуть здание, но город не отдает его.
В ноябре 2008 года в помещении костёла состоялась литургия. Но это был единственный случай в современной истории храма.
С 2010 года кинотеатр «Дружба» не работает, здание храма стоит закрытым.
В 2011 году тогдашний глава Севастополя Владимир Яцуба предлагал вернуть костёл верующим. Но тогда городской совет в очередной раз не поддержал такое решение. Очередная попытка вернуть костел была предпринята к 1025-летия крещения Руси. Однако и тогда храм не был возвращен.
По состоянию на 2017 год здание стоит закрытым.
